Luynes sớm mất lòng dân giống như Concini trước đây. Các quý tộc khác bực bội vì ông ta khống chế nhà vua. Luynes bị xem là kém trình độ hơn so với các đại thần thời Henry IV, phần nhiều trong số họ đã già cả hoặc đã chết, hoặc là theo phe của Marie de' Medici.

Chiến tranh Ba mươi năm nổ ra năm 1618. Triều đình Pháp bước đầu phải đứng về một trong hai phe. Một mặc, truyền thống đối đầu giữa nước Pháp và Nhà Habsburg có thể khiến Pháp đứng về phe Tin Lành (và phụ thân của Louis là Henri IV của Pháp từng là lãnh tụ phe Huguenot). Nhưng mặc khác, Louis XIII được giáo dưỡng nghiêm ngặt trong đức tin Công giáo, và vì thế ông có khuynh hướng ủng hộ Hoàng đế La Mã Thần thánh, gia tộc Habsburg là Ferdinand II.

Các quý tộc Pháp đã nổi dậy nhằm buộc Luynes phải thủ tiêu thuế tax vào năm 1618 và việc bán quan tước năm 1620. Từ nơi bị lưu đày ở Blois, thái hậu Marie de' Medici trở thành người mà bọn người bất mãn hướng tới, và Giám mục Luçon (được phong Hồng y Richelieu năm 1622) được bà ta cử làm người cố vấn hàng đầu, đảm nhận việc trao đổi thư từ giữa Marie và nhà vua.

Các quý tộc đã nổi dậy vào năm 1620, nhưng lực lượng của họ dễ dàng bị quân hoàng gia đánh tan ở trận Les Ponts-de-Cé vào tháng 8 năm 1620. Louis sau đó tổ chức một cuộc viễn chinh chống lại phe Huguenots của Béarn, những người phủ nhận các chính sách của hoàng gia. Cuộc viễn chinh này có mục đích là tái lập lại Công giáo như là tôn giáo chính thức ở Béarn. Tuy nhiên, đoàn quân viễn chinh Béarn lại chuyển hướng tấn công sang những người Huguenots ở các tỉnh khác hiện đang nổ ra một cuộc khởi nghĩa dưới sự lãnh đạo của Henri, Công tước Rohan.

Năm 1621, Louis XIII chính thức hòa giải với mẫu thân. Luynes được bổ nhiệm làm Nguyên soái của Pháp, sau đó ông và Louis lập kế hoạch dập tắt cuộc nổi dậy của phe Huguenot. Cuộc bao vây thành trì của người Huguenot, Montauban đã phải bị hủy bỏ ba tháng sau đó do quân đội hoàng gia bị thương vong do sốt rét trong quân ngũ. Một trong những nạn nhân của dịch bệnh đó là Luynes, ông qua đời tháng 12 năm 1621.